Bis zu 4,2 Millionen Euro Förderung für Forschungs- und Entwicklungsvorhaben, themenoffen und rückwirkend beantragbar: Die Forschungszulage ist für innovative Start-ups attraktiv. Damit aus dem Förderversprechen kein Dokumentationsproblem wird, sollten Unternehmen jedoch früh die richtigen Weichen stellen.

Seit 2020 können Unternehmen in Deutschland für Forschung und Entwicklung (FuE) die steuerliche Forschungszulage beantragen. Für kleine und mittlere Unternehmen beträgt sie 35 Prozent der förderfähigen Bemessungsgrundlage, für größere Unternehmen 25 Prozent. Förderfähig sind insbesondere Personalaufwendungen, aber auch Abschreibungen für die im FuE-Vorhaben eingesetzte technische Ausstattung. Für begünstigte FuE-Vorhaben, die nach dem 31. Dezember 2025 beginnen, kann zusätzlich zu nachgewiesenen Aufwendungen eine Gemein- und Betriebskostenpauschale von 20 Prozent angesetzt werden. Aufwendungen können bis zu einer Bemessungsgrundlage von 12 Millionen Euro pro Jahr geltend gemacht werden. Daraus ergibt sich für KMU eine maximale Fördersumme von 4,2 Millionen Euro. 

Für Start-ups ist das Instrument besonders interessant: Die Förderung ist themenoffen, kann grundsätzlich bis zu vier Jahre rückwirkend beantragt werden und verlangt weder die Aufnahme von Fremdkapital noch die Abgabe von Anteilen. Trotzdem wird sie deutlich seltener genutzt als ursprünglich erwartet. Nach Angaben der Bescheinigungsstelle Forschungszulage wurden bis zum 30. Juni 2026 insgesamt 63.718 Anträge gestellt. Das entspricht nur etwa 14 Prozent der vom Gesetzgeber für diesen Zeitraum ursprünglich erwarteten Antragsmenge.

Gründe dafür: Förderlogik und Antragsverfahren der Forschungszulage lassen sich nicht immer mit Arbeitsrealität und Denkweise junger Unternehmen vereinbaren. Wer nach „Start-up-Finanzierung“ oder „Förderung für App-Entwicklung“ sucht, denkt nicht automatisch an ein steuerliches Forschungsförderungsinstrument. Und wer Investorinnen und Investoren von einem Produkt überzeugen will, präsentiert technische Risiken eher als beherrschbar. Im Antrag auf Forschungszulage ist jedoch gerade die technologische Ungewissheit entscheidend – auch gescheiterte FuE-Vorhaben sind beispielsweise förderfähig.

Wie verläuft das Antragsverfahren?

Das Antragsverfahren besteht aus zwei Stufen. Zunächst prüft die Bescheinigungsstelle Forschungszulage (BSFZ), ob das Vorhaben inhaltlich als Forschung und Entwicklung einzuordnen ist. Entscheidend sind drei Kriterien: Neuartigkeit, Ungewissheit beziehungsweise Risiko und Planmäßigkeit. Nach einer positiven BSFZ-Bescheinigung wird die Forschungszulage anschließend beim zuständigen Finanzamt über ELSTER beantragt. Dort geht es nicht mehr um die technische Beurteilung, sondern ausschließlich um den Nachweis der geltend gemachten förderfähigen Aufwendungen.

Diese Aufgabenteilung klingt übersichtlich. In der Praxis entstehen die größten Schwierigkeiten aber oft genau an der Schnittstelle: Der technische Antrag wird erfolgreich gestellt, während die steuerliche Dokumentation erst viel später in den Blick gerät. Unsere Interviewstudie mit 34 Teilnehmenden aus Unternehmen, Beratung und Verwaltung zeigt, dass die erste Verfahrensstufe bei der BSFZ überwiegend positiver bewertet wird als die zweite Stufe beim Finanzamt. Besonders häufig genannt werden Probleme bei Stundennachweisen, lange Bearbeitungszeiten, fehlende Transparenz und spätere Betriebsprüfungen.

Die Dos and Don’ts bei der Forschungszulage

1. Do: Die eigene Entwicklung durch die FuE-Brille betrachten

Forschung findet nicht nur im Labor statt. Auch die Entwicklung einer App, einer Softwarearchitektur, eines neuen datenbasierten Verfahrens oder technischen Prototyps kann begünstigte Forschung und Entwicklung sein. Gefördert werden systematisch durchgeführte Vorhaben, die neues Wissen schaffen oder bestehendes Wissen innovativ anwenden. Dabei müssen technische oder wissenschaftliche Herausforderungen bewältigt werden.

Don’t: Die Forschungszulage vorschnell ausschließen, nur weil das Unternehmen sich selbst nicht als „Forschungsunternehmen“ im klassischen Sinne versteht. Maßgeblich ist nicht das Label des Start-ups, sondern der Inhalt des konkreten Vorhabens.

2. Do: Technologische Risiken ehrlich und konkret beschreiben

Start-ups sind es gewohnt, gegenüber Investoren Zuversicht zu vermitteln. Im BSFZ-Antrag kann eine Aussage wie „Es bestehen keine Risiken“ jedoch zum Problem werden. Wissenschaftlich-technische Ungewissheit ist ein wesentliches FuE-Kriterium, das mit erwähnt werden sollte.

Don’t: Allgemeine Marktrisiken, Finanzierungsschwierigkeiten oder unsichere Absatzchancen nicht in den Vordergrund stellen. Für die BSFZ sind wissenschaftliche und technische Risiken relevant, nicht das gewöhnliche wirtschaftliche Risiko eines Start-ups. Ebenso wenig hilfreich sind Schlagwortlisten ohne Bezug zum konkreten Vorhaben.

3. Do: Den Steuerberater vor dem technischen Antrag einbinden

Die BSFZ entscheidet über die Förderfähigkeit des Vorhabens dem Grunde nach. Über die Höhe der Forschungszulage entscheidet später das Finanzamt. Deshalb sollte die steuerliche Perspektive nicht erst nach der positiven BSFZ-Bescheinigung hinzukommen. Vorab ist mit dem Steuerberater zu klären, welche Personalaufwendungen, Auftragsforschungsbestandteile, Eigenleistungen oder Wirtschaftsgüter berücksichtigt werden können und welche Nachweise dafür erforderlich sind.

Don’t: Den technischen Antrag isoliert behandeln und davon ausgehen, dass eine positive Bescheinigung automatisch zur Auszahlung führt. Diese bestätigt das FuE-Vorhaben inhaltlich, ersetzt aber weder die Prüfung der förderfähigen Aufwendungen beim Finanzamt noch deren Dokumentation.

4. Do: Stunden und Projektkosten von Beginn an zeitnah dokumentieren

Für junge Unternehmen sind detaillierte Stundenaufzeichnungen häufig ungewohnt. Agile Teams wechseln zwischen Produktentwicklung, Kundengesprächen und internen Aufgaben; starre Acht-Stunden-Tage pro Projekt bilden diese Realität selten ab. Dennoch müssen die im FuE-Vorhaben geleisteten Arbeiten nachvollziehbar und zeitnah dokumentiert werden. Am besten wird bereits zum Projektstart ein praktikabler Prozess hierfür eingerichtet.

Don’t: Stundenzettel Jahre später aus Kalendern, Ticketsystemen und Erinnerungen rekonstruieren. Gerade bei rückwirkenden Anträgen sind ehemalige Mitarbeitende möglicherweise nicht mehr erreichbar und alte Daten nicht mehr vollständig vorhanden. Eine nachträgliche Schätzung kann bei Rückfragen oder in einer Betriebsprüfung erhebliche Risiken auslösen.

5. Do: Den Status „Unternehmen in Schwierigkeiten“ früh prüfen

Der Begriff klingt nach Insolvenzgefahr, ist aber ein eigenständiger beihilferechtlicher Fachbegriff. Bei „Unternehmen in Schwierigkeiten” darf keine Forschungszulage gewährt werden – überprüft wird das aber erst im zweiten Schritt beim Finanzamt. Ob ein „Unternehmen in Schwierigkeiten“ vorliegt, hängt unter anderem von Rechtsform, Unternehmensalter, Kapitalstruktur und weiteren Voraussetzungen ab. Für Start-ups kann insbesondere die bilanzielle Behandlung von Verlusten und Wandeldarlehen relevant werden. Die Prüfung sollte deshalb mit dem Steuerberater erfolgen, bevor Zeit und Geld in den Antrag fließen – und für den jeweils maßgeblichen Zeitpunkt sauber dokumentiert werden. 

Don’t: Aus einer erfolgreichen Finanzierungsrunde oder ausreichender Liquidität automatisch schließen, dass das Unternehmen beihilferechtlich unproblematisch ist. Umgekehrt ist auch nicht jedes Start-up mit Verlusten automatisch ein „Unternehmen in Schwierigkeiten“. Eine pauschale Selbsteinschätzung ersetzt die fachliche Prüfung nicht.

6. Do: Externe Beratung bewusst auswählen

Förderberater können gerade bei knappen internen Ressourcen wertvolle Unterstützung leisten. Der Berufsbegriff ist jedoch nicht geschützt: Qualifikation, Leistungsumfang sowie Vergütungsmodelle unterscheiden sich erheblich. Viele Unternehmen stellen den Antrag auch erfolgreich ohne Förderberater. Der Antrag beinhaltet nur maximal 4.000 Zeichen, also nur 1 bis 1,5 Seiten! Unternehmen sollten deshalb die Notwendigkeit eines Förderberaters genau prüfen. Oft wichtiger ist, wie die zweite Antragsstufe beim Finanzamt begleitet und ob die Dokumentation von Anfang an mitgedacht wird. 

Don’t: Hohe beworbene Erfolgsquoten mit einer Erfolgsgarantie gleichsetzen. Nach Einschätzung der BSFZ unterscheidet sich die Wahrscheinlichkeit einer positiven Bescheinigung bei Anträgen mit und ohne Förderberater nicht wesentlich! Die offiziellen Hilfen, FAQ und Erklärvideos der BSFZ ermöglichen vielen Start-ups, den Antrag selbst vorzubereiten (https://www.bescheinigung-forschungszulage.de/). Zudem kann und darf ein Förderberater den Steuerberater in der zweiten Antragsstufe nicht ersetzen.

7. Do: Die Förderung konservativ in der Liquiditätsplanung berücksichtigen

Die Forschungszulage ist ein Rechtsanspruch, wenn die gesetzlichen Voraussetzungen erfüllt sind. Trotzdem vergeht zwischen Projektaufwand, BSFZ-Bescheinigung, Antrag beim Finanzamt, Steuerfestsetzung und Auszahlung Zeit. Die Forschungszulage wird grundsätzlich mit der Einkommen- oder Körperschaftsteuer verrechnet. Übersteigt die Fördersumme die zu entrichtenden Steuern, wird die Forschungszulage direkt ausgezahlt. 

Don’t: Die erwartete Auszahlung zu schnell nach der BSFZ-Bescheinigung einplanen oder bereits vollständig verausgaben. Für die Finanzplanung empfiehlt sich ein zeitlicher Puffer. Auch eine bereits ausgezahlte Forschungszulage sollte mit Blick auf mögliche spätere Betriebsprüfungen abgesichert sein.

Start-ups können jetzt die richtigen Strukturen schaffen

Die Forschungszulage ist kein Nischeninstrument für Großunternehmen und klassische Forschungslabore. Gerade bei technologieorientierten Start-ups können Forschungs- oder Entwicklungsarbeiten förderfähig sein, die ohnehin den Kern des Geschäftsmodells bilden. Der finanzielle Effekt ist erheblich: Die Förderung schafft „Equity-free Cash“, ist themenoffen und grundsätzlich auch für bereits laufende oder abgeschlossene Vorhaben bis zu vier Jahre rückwirkend beantragbar.

Der entscheidende Erfolgsfaktor ist jedoch nicht ein möglichst glänzend formulierter Antrag. Wer Neuartigkeit, technische Ungewissheit und planmäßiges Vorgehen konkret darstellt, Stunden und Aufwendungen zeitnah dokumentiert, den beihilferechtlichen Status prüft und Zuständigkeiten zwischen Geschäftsführung, Entwicklung und Steuerberatung klärt, reduziert spätere „böse Überraschungen“ erheblich.

Kurz gesagt: Erst prüfen, dann strukturieren, fortlaufend dokumentieren. Und erst danach die mögliche Fördersumme fest in die Planung aufnehmen. So wird aus einer attraktiven Förderidee eine belastbare Finanzierungskomponente.

Quelle:

Informationen, FAQs und Hilfe zur Antragstellung von der Bundesforschungszulagenstelle: https://www.bescheinigung-forschungszulage.de/

Baaken, Stefan; Finsterwalder, Anna; Schanz, Deborah: Die steuerliche Forschungszulage – Hemmnisse und Reformansätze auf dem Weg zur Erfolgsgeschichte. In: Steuer und Wirtschaft (StuW), Jahrgang 103, Heft 1, 2026, S. 31-55.